現在はLinux系でございます。

80番ポート等、確実に開いていると思われるポートを使った接続でしたら、可能でございます。

一例を挙げますと、html htm shtml xhtml hdml cgi pl php などでございます。
基本的にはクライアント側で対応していれば問題ないと存じますが、サーバー側では.htaccessファイルにて設定可能でございます。

FFFTPの場合、セキュリティ上の観点から表示されないようになっているのだと思われます。
何ら問題はないかと存じますが、FFFTPで.htaccessファイルの中身を消去したい場合には、中身が空の.htaccessファイルをアップロードしてください。

メタタグがアップロードできないということは考えられませんので、何らかの原因でソースに表示されていないだけかと存じます。

ご連絡いただければ、使用できるよう設定致しますが、オプション料金が発生するということではございません。

全く問題ございません。